根据《广东省国家税务局 广东省地方税务局关于全面推开营业税改征增值税试点税收征管衔接工作有关问题的公告》（广东省国家税务局 广东省地方税务局公告2016年第8号）第三条的规定，2016年5月1日起，保险机构作为车船税扣缴义务人在开具增值税发票时，应在增值税发票备注栏中注明代收车船税信息，具体包括：保险单号、代收车船税、滞纳金、含车船税合计等，作为纳税人报账凭证。含车船税合计是指，增值税发票价税合计与车船税合计（含税额和滞纳金）之和。
所以，营改增后保险公司代收的车船税按此文件处理。